Университетский госпиталь является крупным лечебно-профилактическим, научно-педагогическим учреждением области и организован на базе Детской областной клинической больницы и Областной клинической больницы в 1999 году. В 2006 году в рамках Государственной программы реформирования и развития здравоохранения на 2005-2010 годы на основании ходатайства Министерства здравоохранения и постановления Акима Восточно-Казахстанской области центр был передан из коммунальной собственности в республиканскую собственность как структурное подразделение Государственного медицинского университета г.Семей.